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Résultats opposés entre le K de Blomberg et le signal phylogénétique dans Phylocom (AOT)


J'ai essayé de tester un conservatisme phylogénétique significatif dans certains traits végétaux. Jusqu'à présent, j'ai utilisé R-package picante (K de Blomberg) et AOT dans Phylocom. Jusqu'à présent, ces deux méthodes donnent des résultats complètement opposés pour les mêmes traits, et je suis confus. Est-il possible d'obtenir des résultats aussi contrastés à partir de ces deux méthodes ?

Par exemple, un trait montre le K de Blomberg = 0,2892 (P = 0,001), ce qui suggère que l'évolution globale de ce trait n'a pas été fortement limitée par la parenté phylogénétique. En revanche, pour le même trait, l'AOT donne une variance des contrastes standardisés à travers l'arbre = 0,006, une signification de la variance de contraste par rapport au modèle nul (rang faible) = 1 et une signification de la variance de contraste par rapport au modèle nul (rang élevé) = 1000 (c'est-à-dire , P = 0,002), suggérant que le conservatisme phylogénétique arborescent est significativement supérieur aux attentes de l'échange aléatoire de pointes.

Je viens juste de commencer à regarder ces signaux phylogénétiques, donc j'oublie peut-être quelque chose de critique. J'apprécierai grandement si vous pouviez gentiment me donner des directions, merci beaucoup!


Je pense que j'ai compris. Quelqu'un m'a dit que les résultats ci-dessus sont les mêmes. La valeur absolue de K = 0,29 indique que l'amplitude du signal est inférieure à celle attendue dans le cadre d'un processus de mouvement brownien, mais c'est toujours plus qu'une attente aléatoire (selon la valeur P, P = 0,001). Ainsi, les deux méthodes suggèrent que le conservatisme phylogénétique arborescent est significativement supérieur aux attentes aléatoires.

En fait, les significations de la statistique K et de la valeur P étaient clairement énoncées dans l'article original (Blomberg et al. 2003). J'aurais dû le regarder d'abord… mais de toute façon, je pense que c'est résolu maintenant.